Het doel van de Stichting Jaap van Duijn Vogelfonds, als omschreven in Art. 2 van de Statuten, is:

1. De stichting heeft ten doel: het verlenen van financiële steun aan projecten die het behoud en de verbetering van de natuur bevorderen, en in het bijzonder aan projecten die bijdragen aan de diversiteit en de verbetering van de vogelstand in Nederland.

2. De stichting tracht haar doel onder meer te bereiken door subsidies te verstrekken aan acties en projecten, geïnitieerd door bijvoorbeeld natuurbeschermingsorganisaties, terreinbeherende organisaties, vogelwerkgroepen, instellingen die vogelonderzoek doen, voor zover deze acties en projecten de doelstelling van de stichting dienen. Ook kan de stichting financiële steun verlenen bij de aankoop en inrichting van natuurterreinen, waarvan het beheer kan bijdragen aan het verwezenlijken van de doelstelling van de stichting.